Phylogeny of the Megascolecidae and Crassiclitellata (Annelida, Oligochaeta): combined versus partitioned analysis using nuclear (28S) and mitochondrial (12S, 16S) rDNA

Jamieson, Barrie G. M., Tillier, Simon, Tillier, Annie, Justine, Jean-Lou, Ling, Edmund, James, Sam, McDonald, Keith and Hugall, Andrew F. (2002) Phylogeny of the Megascolecidae and Crassiclitellata (Annelida, Oligochaeta): combined versus partitioned analysis using nuclear (28S) and mitochondrial (12S, 16S) rDNA. Zoosystema, 24 4: 707-734.

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Name Description MIMEType Size Downloads
UQ61994_OA.pdf Full text (open access) application/pdf 206.32KB 60
Author Jamieson, Barrie G. M.
Tillier, Simon
Tillier, Annie
Justine, Jean-Lou
Ling, Edmund
James, Sam
McDonald, Keith
Hugall, Andrew F.
Title Phylogeny of the Megascolecidae and Crassiclitellata (Annelida, Oligochaeta): combined versus partitioned analysis using nuclear (28S) and mitochondrial (12S, 16S) rDNA
Translated title Phylogénie des Megascolecidae et Crassiclitellata (Annelida, Oligochaeta) : analyse combinée contre analyse partitionée, utilisant l'ADNr nucléaire (28S) et mitochondrial (12S, 16S)
Language of Title eng
fre
Journal name Zoosystema   Check publisher's open access policy
Language of Journal Name fre
ISSN 1280-9551
1638-9387
Publication date 2002-12-27
Sub-type Article (original research)
Open Access Status File (Publisher version)
Volume 24
Issue 4
Start page 707
End page 734
Total pages 28
Place of publication Paris, France
Publisher Museum National d'Histoire Naturelle
Language eng
fre
Subject C1
270501 Animal Systematics, Taxonomy and Phylogeny
770703 Living resources (flora and fauna)
Formatted abstract
Analysis of megascolecoid oligochaete (earthworms and allies) nuclear 28S rDNA and mitochondrial 12S and 16S rDNA using parsimony and likelihood, partition support and likelihood ratio tests, indicates that all higher, suprageneric, classifications within the Megascolecidae are incompatible with the molecular data. The two data-sets (nuclear and mitochondrial) may have historical or methodological incompatabilities therefore we explore the effect on measures of support and conflict at three levels: 1) separate analysis; 2) combining the data with single model; and 3) combining the relative support for competing topologies using separate models. Resolving power is identified via partition support, consensus and four competing likelihood ratio tests. Combined analysis identifies hidden support and conflict; more complex models reduce this conflict, possibly owing to removal of dynamic heterogeneity, and give a more resolved consensus. This is incompatible with morphological classifications, rejection of which varies among likelihood ratio tests. Both congruence and combined power support our conclusions: most of the groupings are based on homoplasies, for instance, multiple origin of racemose prostates or of "dichogastrin" meronephridia. The widely used classification of the non-ocnerodrilin Megascolecidae into three groups (Acanthodrilidae, with tubular prostates and holonephridia; Octochaetidae, with tubular prostates and meronephridia; and Megascolecidae, with racemose prostates) is not supported by molecular data. Monophyly of the Crassiclitellata Jamieson, 1988, oligochaetes with a multilayered clitellum, is confirmed. The results provide support for including the branchiobdellids and leeches in the Oligochaeta.

Chez les oligochètes mégascolécoides, une analyse de l'ADNr nucléaire (28S) et mitochondrial (12S et 16S), utilisant la parcimonie et la vraisemblance, le soutien des partitions et les tests de taux de vraisemblance, indique que toutes les classifications supragénériques des Megascolecidae sont incompatibles avec les données moléculaires. Les deux jeux de données, nucléaire et mitochondrial, peuvent présenter des incompatibilités historiques ou méthodologiques et nous explorons donc l'effet du soutien et du conflit sur les mesures, à trois niveaux : 1) analyses séparées ; 2) combinaison des données avec un seul modèle ; et 3) combinaison des soutiens pour des topologies en compétition en utilisant des modèles séparés. La puissance de résolution est identifiée par le soutien des partitions, le consensus, et quatre tests de taux de vraisemblance en compétition. L'analyse combinée identifie le soutien caché et le conflit ; des modèles plus complexes réduisent ce conflit, probablement parce qu'ils suppriment une hétérogénéité dynamique et produisent un consensus mieux résolu. Ceci est incompatible avec les classifications morphologiques, qui sont plus ou moins rejetées en fonction du test de taux de vraisemblance utilisé. La congruence et le soutien de pouvoir combiné soutiennent nos conclusions : la plupart des groupements ont été basés sur des homoplasies, par exemple l'origine multiple des prostates racémeuses et de la méronéphridie de "type Dichogastrinae". La classification largement utilisée des Megascolescidae non-Ocnerodrelinae en trois groupes (Acanthodrilidae, avec prostate tubulaire et holonéphridie ; Octochaetidae, avec prostate tubulaire et méronéphridie ; Megascolescidae, avec prostate racémeuse) n'est pas soutenue par les données moléculaires. La monophylie des Crassiclitellata Jamieson, 1988, oligochètes avec un clitellum à plusieurs couches, est confirmée. Les résultats fournissent des arguments pour l'inclusion des branchiobdellides et des hirudinées dans les oligochètes.
Keyword Annelida
Oligochaeta
Clitellata
Crassiclitellata
Megascolecidae
Molecular systematics
Maximum likelihood
Consensus
Parametric tests
Q-Index Code C1
Q-Index Status Provisional Code
Institutional Status UQ

Document type: Journal Article
Sub-type: Article (original research)
Collection: School of Biological Sciences Publications
 
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Created: Tue, 14 Aug 2007, 17:34:57 EST